Beca de formació: BioDAC

Roman Valls Guimerà bio photo By Roman Valls Guimerà Comment

Recentment m’han agafat per una beca de formació al departament on treballo actualment. Desconeixia totalment l’existència d’aquest tipus de beques que ofereixen els diferents departaments de la UPC als estudiants. Si sou estudiants de la UPC i us interessa el tema, mireu els requisits.

Pel que fa a la beca, tracta sobre pattern matching orientat a seqüències d’ADN, concretament jo em centraré en approximate pattern matching. Els altres companys treballaran sobre altres variants de pattern matching (multiple, extended i regular expression pattern matching).

La motivació final del projecte és optimitzar aquestes técniques de pattern matching usant instruccions SIMD presents en els microprocessadors d’avui en dia. Potser en una fase a llarg plaç es podria extendre el projecte per construïr hardware optimitzat exclusivament per aquests propòsits.

Ara mateix estem en la fase inicial que consisteix en buscar algoritmes i fer implementacions preliminars per tal de tenir una idea clara de com funcionen exactament aquests algoritmes. El professor que porta aquesta beca ens ha recomanat un llibre que explica amb detall com funcionen aquests algoritmes i les diferents variants/optimitzacions possibles. A part, també hem creat un compte a del.icio.us on anem postejant totes les url’s interessants que s’envien periòdicament a una llista de correu privada gràcies a rss2email.

Bé doncs intentaré postejar de forma regular els meus progressos per tal que no acabi sent una pràctica amb entrega final per ahir :-)

comments powered by Disqus