08.16.06

Exprimint la CPU amb SIMD

Posted in biodac, software, university at 9:44 am by brainstorm

Fa un temps vaig comentar que parlaria més o menys regularment de BioDAC… bé, el cert és que durant el curs ja he anat prou atabalat i no m’hi he pogut dedicar tot el que voldria, però ara sí

Un dels objectius bàsics que comentava en el post inicial de la beca era:

(…) optimitzar tècniques de pattern matching usant instruccions SIMD presents en els microprocessadors d’avui en dia

Doncs bé, això he fet aquests dies de sol i pluja d’estiu, tot alternant entre platja i tecles

Què és SIMD ?

En poques paraules: procesar amb una sola instrucció, múltiples dades, d’aqui Single Instruction Multiple Data. No explicaré més a fons els detalls d’aquesta tecnologia, trobo que wikipedia ja em substitueix prou bé Només volia comentar uns detalls que m’he trobat al treballar-hi i que està bé tenir en compte si decidiu traduïr el vostre flamant algorisme per a que usi registres vectorials…

Referències

1. Si, tothom sap que van al final de qualsevol post, però millor començar per quina API tenim, no ? He posat aquesta primer perque considero que és la més ràpidament/còmodament consultable.
2. També podeu tirar dels llibres blaus-blancs de referència d’intel sobre instruccions d’asm, força més farragosos però extremadament detallats (ideals per mirar latències/temps d’instruccions).
3. Al projecte usem GCC, podeu mirar directament els prototips als seus headers al CVS o al vostre sistema (en el meu cas a: /usr/lib/gcc-lib/i686-pc-linux-gnu/3.3.5/include):
• SSE
• SSE2
• SSE3

En ensamblador no: usem les intrinsics

Tots sabem que resulta poc elegant/portable/mantenible incrustar asm dins d’un codi en C (amb honroses excepcions). Per això tenim les intrinsics de gcc, funcions que encapsulen les instruccions vectorials en ensamblador, un petit exemple d’intrinsics seria el següent:

%:include <stdlib.h>
%:include <xmmintrin.h>

void
vector_add(int *A, int *B, int *C, int len, int iter)
{
    int i,j;
    __m128i *a, *b, *c;

   for (j=0; j < iter ; j++)
    for (i=0; i < len; i+=4) {
        a = (__m128i*) &A[i];
        b = (__m128i*) &B[i];
        c = (__m128i*) &C[i];

        *c = _mm_add_epi32(*a, *b);
    }
}

int main()
{
    int A[32] __attribute__((aligned(16)));
    int B[32] __attribute__((aligned(16)));
    int C[32] __attribute__((aligned(16)));
    unsigned int i;

    for (i=0; i<32; i++) A[i]=B[i]=i;

    vector_add(A,B,C,32,1);
    return 0;
}

És un codi d’exemple de l’assignatura PCA de la FIB, per si us interessa el tema. El que fa és sumar els valors dels vectors A & B en el C, però ho fa de 128 bits en 128 bits mitjançant _mm_add_epi32, en comptes de 32 a 32 com estariem acostumats.

x<<1 en vectorial ? Uff

Les instruccions vectorials estan pensades per a multimèdia, per a processar moltes dades de cop. És possible que per aquesta raó no van incloure el shift d’un bit d’un registre vectorial sencer, com a mínim s’ha de moure un byte (8 bits) de cop :-/ Tot i això hi ha workarounds per fer moviments de bits individuals. Al que hem arribat a la beca de formació és aquest (exemple de shift left d’1 bit):

inline __m128i mm_slli_bit_1 (const __m128i vect) {

    __m128i b,c;

    c = _mm_and_si128(vect,shift_bit_masks[1]);

    b = _mm_slli_si128(c,1);
    b = _mm_srli_epi64(b,7);
    c = _mm_slli_epi64(vect,1);

    return _mm_or_si128(c,b);
}

S’accepten millores/optimitzacions d’aquest últim

Permalink