08.16.06
Posted in biodac, software, university at 9:44 am by brainstorm
Fa un temps vaig comentar que parlaria més o menys regularment de BioDAC… bé, el cert és que durant el curs ja he anat prou atabalat i no m’hi he pogut dedicar tot el que voldria, però ara sí 
Un dels objectius bàsics que comentava en el post inicial de la beca era:
(…) optimitzar tècniques de pattern matching usant instruccions SIMD presents en els microprocessadors d’avui en dia
Doncs bé, això he fet aquests dies de sol i pluja d’estiu, tot alternant entre platja i tecles 
Què és SIMD ?
En poques paraules: procesar amb una sola instrucció, múltiples dades, d’aqui Single Instruction Multiple Data. No explicaré més a fons els detalls d’aquesta tecnologia, trobo que wikipedia ja em substitueix prou bé Només volia comentar uns detalls que m’he trobat al treballar-hi i que està bé tenir en compte si decidiu traduïr el vostre flamant algorisme per a que usi registres vectorials…
Read the rest of this entry »
Permalink
08.03.06
Posted in biodac, software, university at 1:18 am by brainstorm
No s’ha de posar pas un sh-bang per automatitzar una sessió de debugging repetitiva amb gdb, però el títol m’ha semblat encertat 
Tot i això gdb s’ho empassa, si ho voleu posar, és totalment inofensiu
Simplement cal fer ús del paràmetre “-x” i passar-li un fitxer de text amb les comandes que vols executar, una per línea, així de fàcil:
~> cat uni/tests/vect_tests/exec_gdb
file shifts
b main
r
display /t *a
display /t c
n
n
n
Read the rest of this entry »
Permalink
10.02.05
Posted in biodac, university at 4:02 pm by brainstorm
Recentment m’han agafat per una beca de formació al departament on treballo actualment. Desconeixia totalment l’existència d’aquest tipus de beques que ofereixen els diferents departaments de la UPC als estudiants. Si sou estudiants de la UPC i us interessa el tema, mireu els requisits.
Pel que fa a la beca, tracta sobre pattern matching orientat a seqüències d’ADN, concretament jo em centraré en approximate pattern matching. Els altres companys treballaran sobre altres variants de pattern matching (multiple, extended i regular expression pattern matching).
La motivació final del projecte és optimitzar aquestes técniques de pattern matching usant instruccions SIMD presents en els microprocessadors d’avui en dia. Potser en una fase a llarg plaç es podria extendre el projecte per construïr hardware optimitzat exclusivament per aquests propòsits.
Ara mateix estem en la fase inicial que consisteix en buscar algoritmes i fer implementacions preliminars per tal de tenir una idea clara de com funcionen exactament aquests algoritmes. El professor que porta aquesta beca ens ha recomanat un llibre que explica amb detall com funcionen aquests algoritmes i les diferents variants/optimitzacions possibles. A part, també hem creat un compte a del.icio.us on anem postejant totes les url’s interessants que s’envien periòdicament a una llista de correu privada gràcies a rss2email.
Bé doncs intentaré postejar de forma regular els meus progressos per tal que no acabi sent una pràctica amb entrega final per ahir
Permalink